En octavos fueron nuevamente emparejados con el Real Madrid C. F., en la ida cayeron 0-2 a pesar de poder contar con buenas chances de igualar al final del partido, la vuelta en España, el club logró una asombrosa victoria 3-4, en el último minuto Iker Casillas le sacó el gol al capitán Benedikt Höwedes, que hubiera sido el pase a cuartos. A pesar del descenso, siguieron manteniendo al entrenador Dimitrios Grammozis. La camiseta estrena en esta temporada el logo de Spotify, nuevo patrocinador principal del club y que lucirá en el frontal del pecho, tanto en el primer equipo masculino como el femenino, y también el mensaje solidario de apoyo a los refugiados con el logo de UNHCR/Acnur bajo el número del dorsal. El club fue creado para hacer que los deportes y especialmente el fútbol sean más organizados y populares. Al finalizar la primera fase del campeonato, el Flamurtari comenzó la segunda fase mientras que Albania sufría los disturbios de 1997. El Flamurtari lideraba hasta la semana en que se suspendió el campeonato y la Federación Albanesa de Fútbol decidió jugar todos los partidos en Tirana, algo que el Flamurtari no podía pagar por el peligro. Este es el simpático mensaje de ánimo del exguardameta azulgrana a los que fueron sus compñaeros hasta la pasada temporada.
Los años 80 vieron a la institución sumida en una grave crisis económica y esto, sumado a los malos resultados deportivos, hicieron que el club jugara en segunda división por 5 temporadas hasta el ascenso a primera división en 1991 luego de coronarse campeón de la 2. Bundesliga de ese año. Una vez en primera al club le costó consolidarse en ella y en las primeras temporadas luego de su regreso, no paso de la mitad de la tabla, hasta que en la temporada 1995-96 vuelve después de casi 20 años a clasificarse para disputar una competición internacional al conseguir el tercer lugar en la liga y así entrar en la Europa League, justamente en esa competición los Mineros escribieron una de las páginas más doradas de su historia. El fichaje, el modelo ‘vintage’ de la camiseta y el peso del jugador, ha provocado un revuelo en las tiendas oficiales del club, al querer todos la nueva camiseta del ‘9’ del Barça.
Sergio Vargas de la Universidad de Chile utilizó en Chile la camiseta 188. Las reglas lo permitían, aunque generó polémica por ser el número de una compañía de llamadas de larga distancia. Por primera vez en la historia las franjas verticales cambiaban de orientación y pasaban a ser horizontales. Solo un año después, el Flamurtari levantó por primera vez en su historia el título de la Primera División. Palmeiras puede presumir de haber ganado al menos una vez todas las competiciones nacionales que ha jugado y por ello recibió el título de Campeón Brasileño del Siglo ante la Federação Paulista de Futebol. Cuando volví a Zaragoza acompañé a mi padre y a mis tíos a llevar las cenizas de mi abuelo a su nicho en el cementerio de Torrero. En las rondas anteriores el club había eliminado al Roda JC de los Países Bajos, al Trabzonspor de Turquía, al Brujas de Bélgica y en cuartos de final y semifinales eliminaron a dos equipos españoles, el Valencia C. F. y el Tenerife, respectivamente. Durante la década de 1920, el club jugó varios amistosos con otros equipos albaneses y extranjeros. En su historia el club ha ganado una Superliga albanesa en 1991 y tres veces la Copa de Albania (1985, 1988, 2009). Es considerado como uno de los clubes de fútbol albaneses más exitosos nivel nacional y el más exitoso en competiciones europeas, tras haber alcanzado los octavos de final de la Copa de la UEFA 1987-88. Sus rivales históricos son el Skënderbeu y el Tirana.
El 20 de abril de 2021 es derrotado por el Arminia Bielefeld por marcador de 1 a 0 como visitante, así consolidando su descenso y regreso a la 2.Bundesliga. Al descender, numerosos jugadores salieron de la plantilla por lo que se tuvo que iniciar una gran reconstrucción. Flamurtari pasó la segunda ronda gracias a la regla de los saques de esquina: el equipo que tenía más saques de esquina en el partido clasificaría. Siendo eliminados en primera fase de la Copa de Alemania por un equipo de tercera división, el club destituye a Jens Keller y en su lugar contrata a Roberto Di Matteo. El 22 de junio de 1946, el club cambió su nombre a Klubi Sportiv Flamurtari Vlorë. El próximo campeonato sería mejor para el conjunto de Vlorë. El Flamurtari anotó en la primera mitad y los jugadores se fueron al descanso de la primera mitad con un marcador de 1-0 a favor del conjunto albanés. En 1954, el Flamurtari participó en la Copa Spartak y ganó la competencia después de vencer al Vllaznia por 6-0 y al Teuta Durrës y al Ylli i Kuq Pogradec por 2-0. Después de alcanzar el doble de la final del campeonato, en 1960 llegó a la final de la Copa de Albania.