El 28 de septiembre, Müller anotó el único gol en la victoria 1-0 sobre el VfL Wolfsburg, consiguiendo su primer gol en la Bundesliga 2013-14. Müller anotó su primer gol en la Liga de Campeones de la UEFA 2013-14 con el que el Bayern derrotó al Manchester City 3-1 en el Estadio Ciudad de Mánchester el 2 de octubre. En la apertura del Bayern en la Bundesliga 2013-14, Müller falló un penalti por primera vez.
