También anotó en las victorias sobre Austria y Islas Feroe lo que resultó en cuatro goles en la exitosa campaña de Alemania. Müller anotó su primer gol para la clasificación de la Copa Mundial, el 22 de marzo de 2013, marcando el primero y el último en la victoria por 3-0 sobre Kazajistán. Tras la consecución de la Supercopa de España, Supercopa de Europa, Mundial de Clubes y Copa del Rey en la temporada 2011-12, se cerraba la era Guardiola con catorce títulos ganados de dieciocho posibles.
